ご質問にお答えしているかどうかわかりませんが。

はじめまして。青田と申します。Eコマースの専門コンサルタントをしております。といってもシステムコンサルタントではなくEコマース事業全般についてのコンサルティングをしております。

さて、今回のご質問ですが2つほどご質問があると思います。

*1.受注管理ソフトについて
ソフトの方はほぼ決まったのですがそのソフトについて、
とあるサイトに相談すると、評判がよくなく、
コンサルティング契約をお勧めしますとアドバイスを頂き
専門家に質問できるという事でこちらのサイトを紹介して頂きました。

とありますが、これはソフトの評判が良くなくサポートが必要という意味でしょうか?もしそうであれば、ソフトウェアの販売をしている会社に相談してみてはいかがでしょうか?

*2.運営および開業について
受注管理ソフトも踏まえ、今後の運営、独自サイト開業など専門家の方にアドバイスをして頂きたく思います。

受注管理ソフトがどのようなものかわかりませんので、具体的なアドバイスはできませんが、そのほかの部分で一般的なアドバイスをいたします。

**1.目標数値の設定
年間目標売上
月間目標売上
週間目標売上
1日平均目標売上
を設定しましょう。

**2.目標を達成するためのスケジュールの設定
いつ導入するか?
自社サイトをいつスタートするか?
(自社サイト以外に他のモールに出してみるか?)

**3.独自サイトのターゲット設定
モールの店舗とは違うターゲットを設定。どのような言葉をターゲットキーワードにするのか?店舗のMDと合ったキャッチコピーを設定しましょう。

**4.独自サイトの販売促進計画立案
年間販促の設定
SEMの導入
SEOの実施

こんな感じでしょうか?一般的なものですので、あまり参考にならないかもしれません。私の会社では初回は無料※1のコンサルティングを実施しています。もしご質問などございましたらご相談ください。
※1交通費は別途ご請求いたします