共有名義にした方が良いと思います。

ハッピーハウスの真山(さのやま)です。

税金等の個別相談については、税理士、税務署等にご相談下さい。
また、法的な個別相談については、弁護士、司法書士等にご相談ください。
少しでもお役に立てればと思い、一般的な話としてご参照ください。

今回のケースでは、奥様が頭金を1000万円負担するので、
その分の持分を名義に入れておかないと、
贈与税の対象となってしまいます。

一般的に共有名義にする税制的なメリットとして、
　・住宅ローン控除を二人分適用することができる。
　・譲渡所得の3000万円特別控除を二人分適用することができる。
といったものがあげられますが、
今回のケースでは現実的ではないと思われます。

現実的なメリットとしては、
共有名義にすることにより、ご主人単独での財産処分(売却)が
実質できなくなることです。
不動産取引において、持分のみを売却することは可能ですが、
第三者の持分を残したままで、購入する人は現実的にはいません。

また、仮に、勝手に不動産を売却された場合でも、
持分を持っていれば、その持分に基づいて居住権が
発生しているので、マンションから追い出されることは
ありません。

「greenはな」さんには、関係ないとは思いますが、
離婚等の夫婦間で問題が起きた際には、
不動産を共有名義にしておくことで、
勝手に売却されて、マンションを追い出されるといった
ことを防ぐことになります。

共有名義にするデメリットは、特にありません。
(固定資産税・都市計画税の支払義務が生じますが、
どちらにしても不動産に対して支払う金額は同じです。)

今回のケースにおいては、
特に問題はないので、自己資金として出資した分の持分を
名義に入れて、共有名義としておいてください。

少しでもお役に立てれば幸いです。