お考えのデザインの傾向で考えられたら良いでしょう。

まず、構造による耐震性の違いですが、これについては、しっかりした構造計算をすることで、どちらも問題はありません。ただ良くいわれているのは、コンクリートの壁式のタイプは地震による被害がこれまでほとんどないといわれています。
現在お住まいのマンションでの漏水問題も、本来はあるべきはずのないものですが、
鉄骨造が、構造体を工場で作ってきて組み立てる感覚の工事であるのに対して、コンクリート造という工法が、ほとんど現場での手づくりに近い工法ですから、建設会社の監理能力や職方の技能などにある程度左右されてしまう部分があるのは確かです。
建設会社さんが信頼のおけるところであれば、それほどご心配されることではないと思います。
鉄骨造というのはおおざっぱにいえば、地震時には揺れる構造で、揺れにより外壁がひずむことを考慮して、外壁に制限を受けることがあります。３階建てであれば、構造体を固くすることで、総タイル張り程度は可能だと思いますが、重い物を避けるなどタイル選択に制限はあると思います。もちろんコストの問題で、石張りでも可能な工法もあるのですが、一般的な住宅ということになると、ということです。
それに対して、コンクリートはあまりひずまない構造体ですので、タイルの選択などは自由度が増しますし、現場での手作りということもあって、自由な曲線の造形も可能です。
鉄骨造の良いところは、コンクリートに比べて、構造体を細くできるので、軽やかな建築が作りやすいということです。柱が細く、オープンな感じの空間を作ることができます。
限られた紙面ですので、詳しくお伝えできませんが、ざっくりお話しすれば、以上のような感じです。toshi-tekさんの望んであられる建築デザインを建築家にお伝えして、構造を選択されれば良いと思います。