消費税を考えると別口座での振り込みですね

現状の状態では、税務調査があった場合、
各年度の売上が1000万円(2名合計額で判断)を超えますから、
貴方は既に消費税事業者と認定される可能性が大ですね。

売上から経費を引いた後に折半ということであれば、
2名合計額が貴方の売上であり、相方との契約と勤務実態が
雇用関係ではないと説明できれば、相方への支払は外注費、
説明できないのであれば、給与ということになります。

消費税のことを考えれば、それぞれの口座に振り込んで頂くのベターです。
しかし、相手先の手間がかかりますので、難しいわけですよね。
その場合は、経費を引く前の売上の段階で折半をして、
それからお互いの経費を引くべきでしょうね。

経理処理としては、
例えば、100の入金があり、相方の取り分は45%とすると、
(入金時)
　　　　　　預金　100　/　売上　　55　
　　　　　　　　　　　　　　　仮受金　45
(折半時)
　　　　　　仮受金　45　/　預金　　45

と処理してから、自分の経費を処理してください。
もし相方の経費もこちらで同時に支払っていたものを精算するのであれば、

例えば、交通費40を現金で支払ったが相方負担分は45%とすると、
(支払時)
　　　　　　交通費　22　/　現金　　40
　　　　　　仮払金　18
(精算時)
　　　　　　現金　　18　/　仮払金　18

と処理してください。

ただし、この方法も、完全に合法というわけではないので、
相方とこの取引における入金先口座を自分のところとする明確な契約を締結し、
双方で提示できる状態で保管して頂く必要があります。

源泉税については、相方が個人であることを知っていますので、
本来、外注費であっても、10%源泉を引く必要があります。
ただ、相方が法人である場合には、源泉を引く必要はなくなります。

給与であれば、扶養控除申告書を事業者が保管していれば甲欄、
保管がなければ乙欄で源泉を引く必要があります。
甲欄の方が税金は安いので、ご注意下さい。