ご質問ありがとうございます。

リグレス一級建築士事務所の堰口と申します。
よろしくお願いいたします。

ご心配になさっていること、ご察しいたします。

さて、ご質問の件ですが、
元々、2筆の敷地を再分割して、
ほぼ同じ面積で販売している敷地の1つを購入されるとの前提で、
ご回答いたします。

結論ですが、2筆で購入されても不利になることはありません。
だだ、下記の点にご注意ください。

(1)新たな敷地境界線ができますので、境界杭の確認はきちんと行ってください。

(2)新たな敷地境界線での地積測量図を入手してください。
　　　地積測量図とは土地を法務局に登記するときに必要な測量図です。
　　　ここに、新たな敷地境界線や境界杭が明記されます。
　　　また、この図面にて、敷地の面積に間違いがないかを確認してください。

(3)土地の登記簿と地積測量図とが面積が同じであるか確認してください。

また、購入された土地で建築をされる場合についてですが、

(4)建物の建築確認申請上は、2筆でも全く問題ありません。
　　　2筆に限らず、3筆や4筆で確認申請を行うこともよくあります。
　　　ちなみに私の自宅は4筆です。

(5)2筆の場合、地番が2つになりますが、一般的には、面積が広い方や、
　　　道路に面している敷地の地番が使われます。

不動産屋さんが、合筆、分筆できないというのは恐らく、費用がかかるから
そう言っているのだと思います。

最後に繰り返しますが、地積測量図は必ず作成してもらい、入手してください。
そしてその図面に基づいて、法務局に登記をしてください。

ご回答は以上になります。
もし、他にご不明な点がありましたら、再度ご質問ください。