申請は可能かと思われます。

ご新築おめでとうございます。祥くんのパパさん。
高橋修建築設計事務所の高橋です。

私が調べましたところを申し上げます。


原則、使用者(申し込み者)が申し込みですが、設置工事会社・販売店などが代理で申し込み
できることになっています。
また、補助金額はエコキュート一台あたり42,000円となります。
(二世帯住宅で両世帯に付けると二台となります。)
今回、一台とした場合は、20,000円の手数料取られると22,000円残る計算になりますね。


申請については、設置内容を施行会社などに聴きながらやれば個人でも十分できます。
設置機器や工事日などはハウスメーカーに聴けば書けますし、良心的なメーカーなら教えてくれるはずです。


設備メーカーなどに詳しく方法が書いています。
例えばダイキン工業の[[サイトですhttp://www.jehcenter.org/ecocute/download/h20_pamph.pdf
ここに応募要件がありますので、ご確認下さい。


補助金申請のおおまかな流れは

補助金申込書(応募ハガキ)で申し込み
　　　　　　↓
先着順による補助金申し込み書の受領
　　　　　　↓
　　　　　　審査
　　　　　　↓
''受理通知書と補助金交付申込書類受理を確認後に設置工事着工''
　　　　　　↓
　　　設置工事の完了
　　　　　　↓
　　　補助金交付申請
　　　　　　↓
　　補助金の受理となります。

詳しくは応募要件に書いてありますので、ご熟読下さい。
申請が面倒だと思われるのであれば、メーカーに頼むのも一つの方法です。


応募スケジュールですが、一年間で四期に分かれていて、一期が約二ヶ月となっています。
先着順なので、その期間のなるべく早い時期に応募されるのが良いです。
また、設置工事完了日はその期ごとに期限日がありますので注意して下さい。
この辺は住宅メーカーとよく打ち合わせしてやる事が重要です。

以上、参考になりましたら幸いです。