「総所得金額等」と「合計所得金額」

補足

平成２５年１２月２４日修正（上記の記述に関して、ご質問やご指摘をいただきましたので、実務に即して修正します）

旧ただし書方式の国民健康保険料の所得割の計算上の所得
及び国民健康保険料の軽減判定所得
　→総所得金額等なので、国民健康保険料が上がることはない。
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国民健康保険料（税）の所得割の計算上の所得及び国民健康保険料の軽減判定所得
　→原則、総所得金額等なので、国民健康保険料が上がることはない
（名古屋市のHPには、「なお、過去の株式等の譲渡に係る繰越損失と通算して申告した場合や、上場株式等の譲渡損失と上場株式等の配当所得を損益通算して申告した場合には、損益通算後の金額になります。」との記載有り）
　ただし、念のため各市町村の条例等で独自規定がないか確認は必要

国民年金保険料の一部免除、学生納付特例等の対象者の所得
　→(繰越控除後の総所得金額等-所得控除)なので影響は無い。
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国民年金保険料の全額免除、一部免除、納付猶予等の対象者の所得
　そもそも免除所得を定めている国民年金法施行令第６条の１１、１２に分離課税所得である「株式等の譲渡所得等の金額」についての記述がない。しかし、免除申請の申請先・所得確認者は市町村の国民年金課であることから、市町村により実際の取扱いが異なるという話を聞くことがあるので、各市町村で確認が必要。
http://www.nenkin.go.jp/n/open_imgs/service/0000002295.pdf

社会保険の被扶養者のいわゆる年収130万円
　→原則として、恒常的な収入かどうかで判断される。
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社会保険の被扶養者のいわゆる年収130万円
　→原則論では「恒常的な収入」かどうかで判断される。しかし、実際の取扱いは保険者に委ねられているので、会社を通じて各保険者（各健康保険組合、協会けんぽ（年金事務所）等）に確認が必要。

なお、余談ですが、将来的にマイナンバー（納税者番号）制度が普及確立すれば、このようなあいまいな事態はなくなると考えます。