1階に移す方がよいと思います。

おうちさん、こんにちは。水まわりアドバイザーの長谷川高士です。

> 3階建ての住居でトイレが3階に１つだけ、というのはやはり不便でしょうか。

おうちさんがお気づきの通り、不便だと思います。


> １階の一部屋を狭くしてでも１階にトイレを移す方がいいでしょうか。

間取りや生活動線を考慮しなくてはならないので、質問の内容だけでははっきりとは言いがたいです。
水まわりアドバイザーとして、トイレは1階を原則に、と提案しています。

最近の2階建て分譲住宅は、1、2階にトイレを設けることが標準のようになりつつあります。
不要あれば、階上のトイレはないほうが、設備的にはよい、というのが持論です。

理由は、2階にトイレがあることで、
1)　縦に伸びる排水パイプが必要になる
2)　トイレ空間が間取りを圧迫する
という2点です。

縦に伸びる排水パイプは、外に出せば見栄えが悪い、中に隠せば音の問題、将来のトラブルの素になりかねません。
（もちろんやるからにはトラブルの危険性を最小限にする施工をしますが）
特に、汚水（トイレの排水）のパイプは短いに超したことはない、というのが設備的な理想です。


おうちさんのお宅の間取りと生活動線を想像すると、トイレは2箇所以上欲しいのではないでしょうか。
・1階と2階
・1階に2箇所
・1階と3階
私なら、この順番でおすすめします。

1階に1箇所あれば十分と考えられるなら、それもおすすめします。


> フラッシュ時の音など、気になるので

音が気になるようであれば、遮音する方法もあります。
購入先に相談されるとよいと思います。


ちなみに我が家は、2階建てでトイレは1階だけにあります。
トイレの場所は玄関の横、それ以外の水まわりはすべて1階の北側にあります。

1)　お客様がトイレだけに入ってもらいやすい
2)　トイレの排水バイブを短くできる

などの理由からです。