つぎはぎと考える必要はありません。

mamazonさんこんにちは。
大阪で設計事務所をしています。福味と申します。

私であれば、ボイラーの位置をずらすか、臭いが入って来ない様に仕切り壁を設けます。その方が、建物を傷めず費用も安上がりかと思います。
それとは別の話しですが、通常は火を使う設備の周りに窓は設けません。理由は強風で火が消えてしまう不具合の可能性を排除する為です。もしも、そう云うご懸念がおありであればFIX窓にするのも良いでしょう。壁を傷つけず、建具の枠の中で工事が出来れば良いですね。
費用も大した事はありません。

それと、建てて早々つぎはぎだらけと考える必要はありません。これは機械製品で云う処の初期エラーです。新幹線でもパソコンでも、人が作った製品には初期エラーがつきものです。これは、こうしたらもっと良くなるのにとか、実際に使ってみると都合が悪かったと分かり、手を加える作業を指します。
云ってしまえば、より自分のものにする為に改良を加える作業で、誰でも当たりまえの様に行う作業なのです。
私は趣味で野球をしていますが、買った新品のグローブを、新品のまま試合で使う事は決してありません。グローブにダメージを与え、手に馴染む様になってから出ないと試合に使いません。
大工さんも新品で買ったカンナを新品のまま使う事はありません。台直しと云って、カンナの木の部分を自分が使い易い様に手を加えたり、刃を研ぎ直したりします。
見た目がつぎはぎになるのは悲しいでしょうが、つぎはぎにならない様に手を加える事が肝心で、手を加える事自体は普通の作業です。