契約書に記載し、双方が合意すれば問題ありません。

scottieさんこんにちは。ご質問は、新たな工程を行う際にノウハウのある個人の方に、工程作業に加え、自社の正社員への指導を依頼することが可能なのか。また、どのようにすれば、受ける事が可能になるのかということですね。
結論から申しますと、ノウハウのある個人の方と締結する契約書に、正社員への指導の項目を盛り込み、双方合意すれば可能です。

民法では、業務請負契約（民法632条）は、仕事の結果に対し、報酬を支払う契約になります。これと類似するものに、業務委任契約（民法643条、民法656条）があります。これは、法律行為または法律行為以外の事務の処理を依頼し、受任者がこれを引き受けることによって成立する契約です。つまり、行為に対し、報酬を支払います。しかし、契約は双方の合意によって成り立ちますし、形式的に業務請負契約という名称の契約書でも、実態に応じて双方合意事項を柔軟に記載し、契約を締結する事例もあります。

Scottieさんの場合、正社員への指導という無形のサービスを依頼するため、ノウハウのある方と契約を結ぶ際に、具体的に内容を記載し、双方の認識を合わせる必要があります。例えば、正社員の指導とは、具体的にどのような指導内容、指導方法なのか。どのような指導や指導人数に対し、報酬を支払うのかなどがあげられます。新たな工程の内容がわからないので一概には言えませんが、工程作業マニュアルの作成を依頼することも一つの案かもしれません。双方でしっかりと話し合い、認識を摺合せしながら契約を進めることをオススメいたします。

参考：民法　請負（632条）
http://www.houko.com/00/01/M29/089.HTM#s3.2.9

参考：民法　委任（643条、656条）
http://www.houko.com/00/01/M29/089.HTM#s3.2.10

Scottieさんの今後ますますのご発展とご健勝を心よりお祈りいたします。