収入の発生原因によって所得区分の判定が必要です。

tamatama001さん　はじめまして
税理士の柴田博壽と申します。
ご質問にお答えします。所得計算の基本については、概ね、質問者様のお考えのとおりとなります。このサイトにおいて、給与又は事業などのメインの収入（又は所得）以外の収入については、「雑所得」と一括りにしてお考えの方が実は、少なくはありません。
所得税の計算上、所得の発生原因によって、所得区分が1０の種類に分類されていて、種類毎に所得の計算方法が多少異なっています。
先ず、株式の取引ですが、配当があれば、通常は「配当所得」に該当しますが、外国株式等は、「利子所得」ということになります。
また株式売買損益は「譲渡所得」に該当します。上場株式は、確定申告が不要ですが、損失金があれば確定申告によってこの損失金を3年間繰り越すことができます。ただし、証券会社を通さない取引や非上場株式の売買についてはこれに係わらず確定申告が必要となります。売買益の計算は、「譲渡収入－購入費－売買手数料」の算式で求めます。残念ながら、交通費、また例えば投資等に関する書籍購入費などは譲渡収入からは控除できないことになるかと思います。株式の課税関係は、平成28年分よりかなり簡素化されてはいますが、細かい取り扱いになっています。資料を税務署に直接持参して相談しながら確定申告書を作成することをお勧めします。
次に原稿料についてです。実は、著述業をされていらっしゃるのか、あるいは、サラリーマンの方なのか文面には明示されていませんが、ご質問の趣旨からメインのお仕事があって1度あるいは複数回の原稿の寄稿があった場合という前提でご説明をさせていただきます。
その場合は、「雑所得」に該当するかと思います。（著述業はもとより、仮に弁護士が新聞に法律の解説文を寄稿し、謝金等を得たというのであれば事業所得になります。）
事業所得か、雑所得かについて必ずしも判断は厳格に行われない場合もあるかと思いますが実は、雑所得の必要経費の範囲は、事業所得に比してかなり狭いということにご留意が必要です。
適切な比喩であるかどうかはともかくとして、数年前の裁判例があります。競馬の当せん金が事業所得であると主張した人が裁判において、外れ勝馬投票券（通称「馬券」）全ての購入代等多額の必要経費が認められたという話は、ご記憶に新しいのではないでしょうか。
現行税法の雑所得の計算では、必要経費として認められるのは、「直接要した費用」だけということになります。つまり、仮に当選金が1億円であっても必要経費となるのは、この当たり馬券1枚の購入費（数百円）だけです。
ところが、この人は、競馬に多額の資金を投じ、長期間をかけてきめ細かい分析を繰り返し、ついに勝馬を高い確率で割り出すソフトの開発に成功し、これを生業（なりあい）としていたこと等が評価され、報われたのです。
もし、正確な記帳を行ない、このような事例に類似していれば、国税庁も事業所得として取り扱う見解のようですが、極めて例外的と考えてよいかと思います。
原稿料を収入した場合の「雑所得」と認められる直接経費となれば、原稿用紙やペンの購入代、特定な参考図書等に限定されてくるかと思います。もし、取材のための特別費用などがある場合は、やはり、税務署でご相談された方が良いと思います。
確定申告においては、収支内訳書（一般）の収入欄の他、該当の必要経費の欄に記載を行なうことになります。
ご参考になれば幸いです。