まずはご安心ください。

けんけん789様　こんにちは。
神奈川県にて設計事務所をしております。「nameless Architects」土屋と申します。

住宅は本当に高い買い物なのに・・
意思の疎通がはかれず、一度信頼関係が崩れるてしまうと、どんどん悪い方向へいってしまうものですね。
特に外観や意匠に関わる事となると譲れない気持ちよくわかります。


早速ですが、
まず、耐震的なご心配について、(1)(2)共文面を見る限り安心していただいてよろしいかと思います。
文面から木造の建物とお見受けいたしますが、サイディング等の外装材、石膏ボード等の天井や間仕切り壁下地材については原則耐震的要素としてみなすことはありません。

また、住宅瑕疵担保履行法に基づき、メーカーの方で構造耐力に関わる部分、雨水の浸入を防止する部分に関して10年間保証する「住宅瑕疵担保責任保険」に入っているかと思います。
この事により、施工中の定期に第三者による検査が有り、原則として保証を前提としている事から、設計図における構造および防水品質に関してはよほどの場合を除き担保されている事でしょう。
（これに入っていないとなると少し話は厄介です・・）

参考までに耐震要素の考え方はざっくり説明いたしますと（このくだりはとばしていただいても結構です）、
建築基準法における木造の場合、建物を平面でみた縦横(X,Y)方向それぞれに対して地震力、風圧力などの諸条件より必要な耐力壁（耐震的に効かせる壁）長さを算出します。
その長さ以上でかつ、バランス良く「筋交い」や「構造面材（合板）」等を配置し、柱と土台・梁・桁等部材に緊結します。　
この「耐力壁」が木造の主たる耐震要素として機能します。
このほか、コンクリート基礎と土台や柱、柱と梁・桁などを金物でしっかり固定し、床など水平面は、耐力壁が部分的に負担が大きくなりすぎないように均一な動きとなるように固定します。
※もっと詳しくはwebにて「建築基準法施行令 第46条」「耐力壁」「水平構面」等キーワードにて検索してみてください。


さて話を戻し、

(1)について：
文面だけでは判断が難しいですが、現状は横張り（水平面が長い）で、希望は縦張り（垂直面に長い）であったという事（逆の場合も含む）でしょうか？
そうだとして進めると、メーカーとの協議のポイントはサイディングの下にある防水シートをどう考えるかだと思います。
原則としてサイディング面は止水面ではなく、内側にある防水シートにて雨水を止めるというのが木造住宅における外壁防水の理屈です。
新築という観点からすると理想的にはネガティブなポイントを減らす意味でも該当箇所の防水シートを張り替える事が望ましいかとは思いますが、
防水シートまで全部はがすとなると、工程によってはそれなりの手間がかかり、新たな弱点をつくってしまう事も考えられます。
防水シートはそのままだという場合、金具の取り付け位置（サイディング金具工法と推定）が変わる事により生じる既存金物固定用にあけた防水シートから下地まで貫通したビス穴の処理に関して納得のいく説明を求められるのが良いかと思います。
この防水シートに関しても住宅瑕疵担保責任の保証範囲ですので、メーカーとしても安易には考えられないところかと思います。
また、断熱材については、上記貫通口の対策がなされれば問題ないかと思われます。
サッシについては外さないでも施工可能ですので特段問題なく、アンテナ等に関しても一時撤去、再取り付けで特段影響はないでしょう。

(2)について：
埋め戻し後の溝というのは、ボードの継ぎ目という事でしょうか？
そうだとして話を進めると、その溝はパテ埋めするための溝かと思われます。
壁紙を張る前のボード面の下処理は、ボードの継ぎ目とビス部などをパテで埋め平滑にします。
木造の場合、経年変化による躯体の動きに伴い、どうしても構造に関係のないところで壁や天井ボードの目地面にクラックが生じる事がございます。
メーカーがどの程度の下地処理を考えているかは不明ですが、私どもが設計する際は、仕様として壁紙の場合でもパテ埋めに先立ち、目地に「寒冷紗テープ」を貼る事として、少しでも防止できるようにつとめています。


少し回答が長くなってしまいました・・

最後になりますが、文面の最初に地元密着のメーカーとのお話でしたが、メーカーとは竣工後もメンテナンスも含め保証の範囲、長くつきあっていく事と思います。
竣工のあかつきには労をねぎらい「よくやった。これからも宜しく！」といえるような関係をもう一度築けると良いですね。


ご健闘お祈りいたします。


一級建築士事務所 nameless Architects
代表　土屋 暁