まず、仕様書ならびに標準施工図のチェックが必要と思います。

野地板から釘が突き出ていて、たいへんご心配のことと思います。ただ、ご質問の内容だけでは、状況がよくわかりませんので、的を得た回答ではないかもしれませんが、まず標準仕様書、標準施工図を確認することが必要不可欠であると思います。


その釘が
１．屋根材固定のための釘
２．雪止め固定のための釘　　　どちらの釘にしても、、、

金属系の屋根材と言ってもかなりの種類があり、垂木に固定するもの、野地板に固定するもの、それぞれ施工方法が異なると思います。

そのため、
金属屋根材の仕様書ならびに標準施工図を確認する必要があります。野地板に固定する場合も野地板の性能（板厚、素材、固定方法）が明確に書かれていると思います。もちろん施工会社に用意してもらえばいいでしょうし、不安（施工会社が信用できないなど）であればメーカーに問い合わせてもいいと思います。工事契約書や契約図面に仕様書はついていませんでしょうか？

また、建築家や設計士はかかわっていないのでしょうか。

かかわっていないのであれば、それ（屋根材の仕様書、標準施工図）をもとに、ご自身で、施工会社に「屋根の検査を行う」と指示し、一緒に立ち会ってもらって確認されればいいのではないでしょうか。取付方法だけではなく、防水用ルーフィングなども仕様書通りかをチェックされたらいいと思います。


また、雪止めですが、
雪止めもいろいろな製品とそれぞれの施工方法がありますので、標準施工図を確認するしかないと思います。ただ、垂木に止まっていないと脱落してしまう可能性が高いですね。

ただ、東京都ということですが、青梅や奥多摩にお住まいなのでしょうか。そうでないなら、雪止めは必要ですか？

釘の素材については、一般的には鉄ですが、用途と応力によってさまざまに使い分けられていますので専門家にお任せになった方がいいと思います。


ご参考になれば幸いです。


島崎義治/島崎義治建築設計事務所
2012グッドデザイン賞を受賞しました
http://architect-studio.com