所有権移転仮登記を抹消登記する手続を行うことをお勧めします。

司法書士の芦川京之助でございます。
専門外のこともありますが、参考までにお答えいたします。

最初に、贈与による所有権移転仮登記について、ご説明いたします。

土地に登記されている所有権移転仮登記の意味は、次のとおりです。

土地は、祖父名義だったと思われますが、これをお父様が相続により名義変更登記しています。
その後に、祖父の「第三者」に贈与により、所有権移転仮登記をしています。

この仮登記は、日付の関係から、お父様と「第三者」で登記手続をしたものと思われます。
贈与の日付、相続の日付から考えて、祖父と「第三者」との贈与の約束をお父様が「第三者」と登記手続をしたと思われます。

ただし、登記上は、仮登記ですので、「第三者」の所有権が確定しているわけではありません。
この所有権移転仮登記とした意味が不明ですが、法律上の所有者は、「第三者」であるけれども、登記上は、仮登記であることから、「第三者」の所有権が登記上、確定していません。

祖父（お父様）が、真実、「第三者」に贈与して所有権を「第三者」としたのか、あるいは、お父様が登記上だけ、とりあえず仮登記にしておこうとしたのかが不明です。

いずれにしても、この土地の所有者は、現在、「第三者」であるけれども（祖父が「第三者」に贈与した。）、所有者として登記上、確定していない状況です。

この意味は、登記上の所有者は、基本的に、法律上の所有者と同一と考えられます。
仮登記の場合は、所有者ではなく「権利者」として登記されるため、法律上の所有者であるけれども、登記上の所有者とはいえないことになります。（この辺の意味が一般の方にとっては難しいところです。）

ハウスメーカーが登記上の所有者が誰であるのかを調べたのは、基本的に、他人の土地に建築することができないからです。
他人の土地に建築する場合は、建物を所有する法律上の根拠が必要となるからです。
他人所有の土地であれば、少なくとも、土地所有者の承諾を得る必要があります。

現在の所有者が登記上、確定していない状況で、ハウスメーカーは建築することができないと思われます。
この点について、ハウスメーカーにご確認ください。