双方納得してから引渡を受けると良いと思います。

アキラ　さんこれからの支払いに心配されているご様子が良く判ります。
支払ってから後できちんと対応してくれるのかも心配されての事でのご
質問だと思います。

原則論で言えば仕様変更をした場合、建築主の指示で行われた場合には
建築主が負担するとなっています。そこで建築主は金額などが判らない
ので工務店が見積を提示し監理者である設計事務所が金額の妥当性をア
ドバイスして承認してからその工事を行うのが普通ですしそのようにし
ないと後からでは金額の妥当性も疑わしく感じてしまうので設計者は注
意します。

しかし残念ながら今回はそのような手順を踏んでいないようです。そこ
で安心できるほ方法は引渡を受ける前に見積を出してもらい納得した上
で最終金の支払いと引渡を同時に受けるのが良いです。ご相談のような
ケースの場合、一般解は有りません。双方で話し合って決めるのでアキラ
さんが納得できる物であればそれで良いと思います。実際にはお金を受
け取ってからの対応が悪くなると言う意見を聞きますので、工務店の今
迄の対応を考えて判断されると良いと思います。

参考になりますでしょうか。

それから蛇足ですが設計事務所の工事監理が一般には正確に理解されて
いない現実もあります。アキラさんには無用かもしれませんが工事監理
について私のブログに書いていますので機会がありましたら読んで下さ
い。

設計の休憩室　こうじかんり　http://shima-sekkei.sblo.jp/article/4803344.html