譲渡制限株式と株主保護

ご質問は、普通株式について譲渡制限がある場合のことですね。
取締役会設置会社でない場合、株主総会の承認があれば譲渡ができるとなっていると思います（これには、定款の記載が必要で登記も必要です）。この場合、その大株主である代表取締役が議決権の過半をもっているならこの承認はなされるでしょうから、譲渡もできることになりますね。そもそも、株式は譲渡が自由なので仕方ありません。

株主総会の決議については特別利害関係を有する株主も総会で議決権行使ができるため、この場合、この代表取締役は譲渡する者として利害関係がありますが、議決権を行使できてしまいます。取締役会の決議とはここが違うのですよね。

しかし、他の少数株主にとってあまりにひどいことになるような場合の保護のために、事後的な救済措置として、そのような株主が議決権を行使したことによって著しく不当な決議がなされたときには、決議の取消の訴えを他の株主等が出来ます。よって、貴殿は著しく不当な決議がなされたときには、決議の取消の訴えを提起できます。あくまでも事後的なことになりますが。

もしも、取締役会がありその承認が必要となっている会社であれば、取締役会の承認を得るわけですが、この場合売主である代表取締役が特別利害関係を有するので決議に参加できないため、他の役員で決議します。そうすると否決されるかもしれませんね。
ただ、役員を解任することが株主総会決議でできますので、譲渡に反対するような役員についてはその大株主である代表取締役が解任してしまうでしょうから、やはり大株主のやりたい譲渡は実現できるでしょう。