室内でのマーキング

他の先生方もおっしゃっていますが、まずは去勢をお勧めします。
ただ、去勢をしたからと言ってそれだけで解決するわけではないので、やはりきちんとしたしつけも必要です。

マーキングの原因については、文章から察すると、寂しさからではなくきっと生活の変化（＝赤ちゃんの誕生）によるところが大きいでしょう。
生活スタイルが変われば、必ず犬の行動も変わります。

また、「トイレはほぼ１００％できていたと思います。」ということは、完璧にトイレを覚えていた訳ではないのかもしれません。
だとすれば、今からきちんと教えてあげれば良いです。

トイレのしつけは、とにかく''失敗させない''ことが大切ですので、今やっているようにサークルに入れるのは良いですね。
排泄の回数が少なくてサークルに入れっぱなしになってしまうなら、排泄のご褒美として出して遊んであげたら、その後しばらくは家具等にリードをつけてつなぐ（＝行動範囲を制限する）といいかもしれません。

そうすれば失敗はしないはずです。
そして、排泄しそうな時間になったらまたサークルに戻してください。
ただし、つなぐのは必ず関羽ママさんが見ている時に限ってください。
（慣れないうちにつないで出かけてしまったりすると、危ないので。）

最後に、生活の変化にはワンちゃんもいずれ慣れます。
新たな生活で優先順位が変わるのは当然ですので、「今の生活に早く慣れて」という気持ちで、今までのように構えないことをあまり気にしないようにしてください(^-^)