おかしな納まりですね

外壁の防水の納まりは非常に大事で水が浸入しないように、また、浸入した場合も排出されるようにと考えられた一般的な納まりがあります。
水切りはそのもっとも基本的な部分ですね。モルタルを外壁の外側にかぶせるような納まりはあまり考えられません。
ただし、ここの文章だけで判断できる事ではないので何らかの理由があってそのようにしているのかもしれませんが、少なくとも図面がそうなっていないので設計上の理由ではないようです。
シールは永久にもつものではなく、10年～15年くらいで劣化してくるので打ち直しが必要です。設計通りの施工がなされていればその必要はない部分ですが。

建物は設計と監理が重要です。ただし、きちんとした設計契約と監理契約が施主となされていない建物（住宅）が非常に多い事も事実です。監理がなされていればおそらくこのような納まりはしなくてすんだようにも思います。
設計者も工務店の下請けであれば施主の味方になることは難しい立場に立たされます。また、確認申請程度の仕事を安い報酬で請け負った場合はそれ以上の仕事はしません。
施主との契約があれば、施主の代理人として必要な図面を書き、監理で必要な指示を出す事ができますが。

法的な瑕疵保証の期間は現在は10年となっており、第3者による保険もかけなければいけません。しかし、10年前にはそのような制度はなく瑕疵責任の期間も10年を超えることはなかったはずです。残念ですが、法的に補償される事はないのでどうしても納得いかない時は民事で訴えるしかありません。民事で訴えるコストや労力はその成果と比べるとこの場合は合わないように思います。