よく話しあってください

注文住宅は工場で造る大量生産の工業製品ではなく現場で手作業で造る一品生産品です。
試作品を造ることはできないものなので、時には予想外のトラブルもあります。
無くて七癖といいますが、無くて七トラブルくらいはあります。
それをなんとか、うまく解決していくのが「監理」という仕事です。

しかしながら、今回の階段に関してこれが予想外のトラブルかと言うと「予想外」とは言い難いです。階段の設計は家の設計の中でもいろいろ気を遣う難しい部分があります。「頭があたる」というのはもっとも基本的な注意事項でありながら、様々な要件を満たそうとして階段に負担をかける為におこる場合もありますし、単に他に気を取られて気がつかなかったという事もありえます。
階段の高さは、登るときより降りる時のほうが気になります。直下の段板の部分で1800mmというのは、降りる時にはさらに圧迫感がありますね。

現在の施工段階がどの段階なのかはわかりませんが、施工者も建築士も問題はわかっている事ですし、あまり自慢できる話ではない事も承知でしょう。現場で頭を痛めている様子は目に見えます。階段のスペースの問題が大きいのか、その他の理由があるのかはわかりませんが、こうした場合は天井部分を細工して高さを確保するか、それでもダメなら作り直しをします。もちろん、それが施主持ちという事はありません。（打ち合わせ段階で、こうした問題を話していて承知していたのでなければ）

ここは、現場を見て納得いくような形にしてもらうのがいいでしょう。
誠意がない相手なら別ですが、なんとか解決しようとしているならばそれを責めるよりはそこに参加して納得行くようにきちんと解決してもらう事が大事です。