実父の会社への運転資金の提供

父上様と法人では、人格が異なるので当該貸付金を父上様の遺産分割で直接返金を受けることは残念ながら困難です。
会社の預貯金や資産の売却代金を原資に会社から直接返金を受けることになります。また、現実的には無理でしょうが、第三者に金銭債権を売却することも可能ですが、この場合額面額ではなく回収可能額で譲渡することになるでしょう。

遺産分割時には、貴殿が父上様の事業や財産増加に特別に貢献したことがある場合には貴殿の相続分のプラス要因として考慮される場合があります。
（これらの事情も考慮した遺言を残されることがベストですが）

（参考）寄与分制度
共同相続人のなかに被相続人の財産の維持又は増加について特別の寄与をした者がある場合、相続人間の公平を図るため、遺産分割の際にその寄与相続人に対し、相続分を修正することにより法定相続分または指定相続分以上の財産を取得させる制度。