代償分割をした際の相続税について

　初めまして！
結論から申し上げますと、ご質問の内容通りによる相続税の計算になりますので、特別な問題は発生しません。土地等の評価についてはまた別になりますが。
そもそも代償分割制度は、家屋敷等に現在住まわれており、遺産分割のために売却しなければならないケースの際に発生します。ほかに不動産がなければ売却し、お金を分割し、アパートに住まなければならないわけですが、ご主人（長男）所有の土地があり、相応の評価ができることであれば、次男さんも、通常の遺産を分割されたと同じ扱いになりますので、相続税計算においても何ら問題なく計算できます。
税理士さんに相談する場合、長男さんの土地の評価について、詳細にお聞きするとよいでしょう。分筆等の問題もありますので、費用負担についても考慮しておくとよいでしょう。

お母様に相続が発生した場合の相続税につきましては、お母様が保有されている財産について相続税が計算されます。不動産の価額がいくらになるのかわかりませんが、現在お母様だけが住まわれているようでしたら、居住用宅地の小規模宅地の評価減（８０％）は使えなくなり相続税が算出されるかもしれません。相続税は二人の息子様が相続されたとして計算されます、代償分割された土地については相続税の対象にはなりませんが、長男の方が保有されている不動産ですので、次男の方に代償分割されますと、次男の方から譲渡代金を収受されなくても譲渡所得税の課税の対象となります。
　相続税の課税価格を下げる方法としましては、長男夫婦の方がお母様に同居されることをお勧めいたします。仮の同居ではなく完全に住所を移転して同居してください、もし今長男夫婦の住まわれている家が持家ではなく借家でしたら、同居しなくても、構いません。お母様の家を相続により所有すれば居住用財産のの小規模宅地の評価減が適用できます。長男の方の所有している財産が居住用財産でしたら次男の方に賃貸されるとよいと思います（無償の貸付ではなく賃料を得る必要があります。）