父死亡後、引き続き母が死亡した場合の相続と登記について

昨年４月に父が亡くなりました。
都内に実娘(私)と２世帯の、一戸建て住宅を所有しており、本来は相続税がかかるところ、「小規模宅地の特例」の申請により土地評価額の軽減をし、相続税は納めておりません。

その際、今後のことを考えて土地はすべて父から私、建物は両親と私達夫婦４名の共有でしたので、父の所有分を母へ相続することにいたしました。
相続人はその他に兄が一人おり、不動産の相続方法については了解済で、遺産分割協議書も作成しましたが、不動産登記はまだしておりませんでした。

ところが、母が突然病に倒れ、本年４月に急逝してしまいました。
前回の相続時に、母の相続が発生した際には動産についてはすべて兄、不動産についてはすべて私ということで話がついていますので、相続内容についてもめることは
ないと思います。
(建物は父と母の所有分を私へ、ということになります)
前回の相続税の申告は、すべて私が書類を作成し、税務署に提出しております。
今回も何とか自分でやってみようと思っています。

そこで質問なのですが、
(１)今回の遺産総額を算定するにあたり、不動産が未登記であっても、前回の遺産分割協議書通りに相続したものと考えてよいのでしょうか。
(土地はまだ全部父名義で、私には変わっていません)

(２)土地と建物の登記をするにあたり、遺産分割協議書は今回分のみ、それとも前回分も一緒に提出するのでしょうか。
(まさか、登録免許税を２回分払うなんてことはないですよね)

質問の追加です。
(３)土地を除くと、今回は相続税の申告がギリギリ不要になりそうです。
兄は余計な調査はされたくないようで、不動産を登記するにあたり、今回は預貯金については記載せず、土地・建物のみの遺産分割協議書を作って登記してはどうかと提案してきたのですが、何か問題はありますでしょうか。

(４)その後、やはり相続税の申告をする必要があると判明した場合、あとから預貯金のみの遺産分割協議書を作成して、２通になっても構わないのでしょうか。

素人ですので、質問自体わかりにくかったら申し訳ありません。