私は「フォロワーシップ」といって、簡潔にいうと上司をどうマネジメントするかというような研修プログラムを実施していますので、その観点で少しアドバイスさせて下さい。

　まず社員の皆さんからすると、「経営者は本来は率先垂範すべきなのに、サボってばかりで仕事をしないし、約束も守らない。こんな社長のもとではやってられない。」という感じなのでしょう。
確かに経営者としては大いに問題アリですね。

　ではその社長さんに、どうなってもらうのがベストなのでしょうか。
　毎日きちんと会社に来て、的確に一貫した指示をして、いつでも報告、相談ができること、なのでしょうか。
　もしそうなったとすると、現場は意外に息苦しいのではないでしょうか。

　御社のようなオーナー経営者の会社では、社長がいないと現場が回らないところが多いですが、社長がいなくても日々の業務が回っていくというのは、逆に強みですばらしいことだと思います。どうせなら、現場の事はさらに全面的にまかせてもらえるように仕向けてみてはどうでしょうか。

　社長ももしかすると少しはやましい気持ちがあって、仕事に関与しなければと中途半端に指示を出しているのかもしれません。ならば「その辺りは任せてください」と言ってしまっても良いのではないでしょうか。
　もちろん、必要最低限の報告、連絡、相談は必要でしょうから、その辺りの約束事は必要かもしれませんが、報告や相談もメールや電話で可能なら、それで良しと割り切ってしまってはどうでしょう。
　会社の方向性も、社員同士で話し合って、「こんな方向性でやりたい」と提案してみてはどうでしょう。

　…ときれいごとを述べましたが、現実はなかなか難しいのかもしれません。
　ただ、経営者は親ではないですし、人格者であることもそれほど多くはないです。
　例えば「自分たち社員に、仕事と生活の場を提供してくれるスポンサー」などと考えて接してみると、社員の皆さんの感じ方も少し変わるような気がしますが、いかがでしょうか。