この内容では、週何日働いているのかわかりませんが、1日7時間で週5日として考えさせていただきます。

まず7時間勤務で週5日であれば週35時間働くことになり、社会保険に加入させなければいけません。社会保険は週30時間以上働く場合に加入します。

店長に社会保険を外すと言われたと言うことは、週30時間未満に働く時間を抑えることになります。つまり、働く条件が異なってきたので新たに雇用契約書を交わす必要があります。
この場合、会社が一方的に契約条件を変えることはできません。労働契約法で、「対等の立場で契約を交わすこと」が定められているからです。

双方が納得すれば、新たに契約を交わして、社会保険から外すことは可能です。しかし、めちこさんは、納得できないのかと思われます。本来「能力が低い」と上司が言うのは、「上司の指導の仕方が悪い」ということと表裏一体です。最初の1ヶ月はきちんと指導をすることが必須です。これがなおざりになっていませんでしたか？

もし納得ができなければ今一度店長と話して「能力がないのは具体的にどんなことができないのか」（ここで教えてもらっていなかったことがあれば反論をしてください）「働く条件が変わるのであれば、新しい契約書をみせてもらう」等、聞いてください。

試用期間3ヶ月と契約書にあるのであれば、本来能力は3ヶ月で判断するのであり、能力がなければ3ヶ月の間に能力が付くようにうまく指導する必要があります。

契約書を持参しての話し合いを勧めます。