YWさん　はじめまして
税理士の柴田博壽と申します。
　お答えします。
　以下のポイントにご留意いただき、直接、所轄税務署に必要書類を持参し、指導を受けることをお勧めします。懇切丁寧に指導して貰えます。
　なお、所得税が減額（還付）となる手続きを行えば、後日、住民税の方も職権で税額が減額（還付）されるものと思います。

ポイント１）「平成28年、29年とも・・・確定申告済みです。」の件
　所得税において、所得のあった年分が申告を要する年分となりますから、それぞれ、平成27年分、同28年分の所得税との解釈でよろしいかと思います。
　ちなみに平成27年分（27年1月～12月分）の所得に対し、平成28年度（28年4月～29年3月分）の住民税が課税されることになりますから、この違いについてご留意いただければと思います。

ポイント２）当初の確定申告を訂正する場合について
　まず、申告期限内であれば、正しい金額で申告書の出し直しが何度でもできます。この場合、「訂正申告」になります。
　ところが、申告期限が過ぎてしまった場合には次の二通りの方法のいずれかとなります。
　納税額が増加する場合は「修正申告書」を提出しますが、逆に税額が減少（還付）する場合は、「更正の請求書」を提出します。
　いずれの場合も当初の確定申告内容に基づいて作成することになります。したがって確定申告書（控）が必要です。もし、控え用を失念した場合は、税務署において提出した申告書を閲覧させて貰うことになります。（本人以外は委任状が必要です。）

ポイント３）「申告の際、私が主人の扶養として申告しています。」の件
　質問者様が平成27年分、同28年分の確定申告においてご主人の控除対象配偶者なっている旨の記述がありますが、「配偶者特別控除」の誤りではないでしょうか。
　給与収入が103万円を超えた場合、配偶者控除が受けられなくなります。しかし、代って配偶者特別控除を受けることができます。
　給与収入が年140万円の場合、給与所得控除後の金額は75万円となり、配偶者特別控除の額は３万円となります。
　ご主人を控除対象配偶者にする年分について、質問者様がご主人の申告において配偶者控除も配偶者特別控除も受けることはできません。よってこのケースでは、合わせてご主人の修正申告が必要となります。
　ご参考になれば幸いです。