横浜の設計事務所です。

写真と図面は前に設計して竣工した地下車庫のある家の例です。
擁壁があって道路面より敷地が上がっているという場合です。
東京西部から横浜－鎌倉寄りの地域はこういう敷地が多くて斜面の家はよく頼まれます。

質問の1ですが、地下は建ぺい率に含まれません。
したがって、地下の方が1階より面積が大きくても問題ないです。
また地盤より出ている部分があっても、建ぺい率としては地盤面より1ｍ以下の部分は地下とみなされます。
敷地が擁壁などでわかりやすく作られている場合は地盤面の算定は簡単ですが、斜面になっている場合は平均地盤面を算出します。

質問の2で、地下とみなされる条件は「外壁が土の中に埋まっている」という事になります。
つまり5ｍ高いひな壇があったとして、両脇に高い部分の土地が残るようにくりぬいて地下車庫を造るということで地下扱いになります。
この場合、地下車庫の4辺のうち道路側は土に接していなく、他の3辺が土の中にあります。
ですので平均地盤面を算出します。
平均地盤面は実際の地盤より若干下がると思いますが、地下扱いには問題ないレベルです。
ただし、地上の建物の高さもそこから測るので高さ制限的にはその分は不利になります。

ちなみに盛り土はダメです。おっしゃるような例はあきらかに不自然ですが（笑）、斜面の土地などで「ズル」する場合に以前は使われていましたが、今は規制がかかっています。

それと斜路がとれれば平坦な土地でも地下車庫は造れます。
機械式の立体駐車場のようなものでもできない事はないです（お値段次第ですが）。

容積率も建物の大きさによっては地下であっても気にしてください。
車庫は全体の床面積の1/5以内であれば容積に算入しなくて良いです。
この場合の全体とは駐車場も含めた面積になります。
また地下玄関や地下室を設けた場合、これらの住宅部分は全体の1/3以内であれば容積に
算入しなくて良いです。

質問の3ですが、2ｍくらいならギリ大丈夫です。地盤面より1ｍまでは上がっていても良いので。
5ｍ以上あった場合、1階の一部分が地下に埋まるプランになりそうです。
7ｍ以上なら地下が2階あるようなプランでしょうか。（地下といっても道路側には窓が造れますが）

どっちかというと、5ｍ以上高さがあるような土地は技術的には可能だけれども費用的にはあまり現実的ではないと思います。（費用を惜しまなければ、15ｍあっても技術的には可能です/笑）

地下車庫の家として道路からの高さは2～3ｍ（あっても4ｍ）くらいが現実的かと思います。


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