賃借マンションを会社事務所にしたときの経理について

表札に会社名を出さないということですので、大家とは個人(役員)で契約しているものと思いますので、それを前提で回答させていただきます。
役員を貸主として会社を借主として賃貸契約を結ぶことになります。本来は転借はできないのですが、大家が了承されていることと、あくまでも税務上の処理のために賃貸契約をします。
その際の月額家賃は、実際に支払っている家賃を合理的な計算方法(使用面積など)で按分した金額になります。
大家には役員個人で全額支払いをし、会社がその按分した金額を役員個人に支払うことになります。
この処理をしていれば、家賃分が役員報酬とみなされることはありません。

マンションの一部を会社事務所として使われるのですね。その家賃の処理については税務署になんら届出を要するものではありませんが、ざっくり5割というのも少々乱暴なので、会社使用分と家事部分を分ける計算書を作成しておいた方がいいと思います。そして決めた負担割合は、毎期継続して使ってください。
具体的には、マンションの1室を事務所として整えます。その部屋にはPC、電話、コピー、作業机等、事業用の備品を揃えます。その部屋の面積が、借りている全体の面積の内に占める割合は100%事業用です。またリビング等を応接室や会議室としてお使いになる場合は、その部屋の面積割合に大体の使用頻度を加味して事業割合を決めればいいと思います。以下、水屋や廊下等も同じ考えです。これら積算計算したものを作成しておけば、税務署から問い合わせがあったときに「こうなってます」と言えますね。まず家賃に事業割合を乗じた部分は会社の経費です。
役員社宅の家賃は、所得税基本通達36-40という通達があります。固定資産税評価額を基に計算することになっていますが、大家さんからそのような金額をお聞きするのも現実的には無理でしょう。支払家賃の内上記事業割合以外の家事部分が社宅部分です。その社宅部分の家賃の50%以上を個人が負担していれば、その差額について給与として源泉徴収する必要はありません。もちろん家賃を会社で全額負担する場合には、上記50%部分が家賃手当てとして源泉の対象になります。
大家さんは、契約者を会社にすると事務所貸しということで消費税の対象になったり、固定資産税が住宅用ではなくなりますので、嫌がるでしょう。家賃は個人が払い、上記住宅手当以外の金額を会社からあなたに支払うことにすれば、会社が負担した家賃は全額経費となります。