分離不安なのでしょうか？

家に来てもうすぐ3ヶ月になる生後4ヶ月のＭ.ダックス♀です。
サークル内にクレート（扉は開放）とトイレを置いています。ハウスするときはガムなどを見せて「ハウス」と言うと喜んで入ります。最初は夢中で食べているのですが、10分もしないうちに出してっとこちらをじっと見て、その時に出さないと鳴きはじめます。前は連続で何時間も鳴き続けたのですが、最近はしばらく鳴き続けたあと一時だけ（2分くらい）クレートに入り寝たりします。でもすぐに起きて鳴き続け、またクレートでちょっと寝るを繰りかえします。完全にはあきらめず、5時間でも鳴くのでその一時の鳴きやんだ時に出しています。
サークルの中をぐちゃぐちゃにしてしまうときもあれば、鳴いてるだけのときもあります。
布を掛けたりすると余計に中で暴れたり、鳴き方もさらにひどい状態になります。
入れている時は目が合わないようにしています。
昼間はこたつでしか寝ません。夜だけ自分でクレートに行き寝ているときもあります。（でもサークルの扉を閉めると出てきてしまいます。）
サークルの問題以前に1Fに主人がいても私が2Fに行っただけで鳴き、その逆も鳴きます。でも鳴かない時もあったり、誰も居なくなっても平気でこたつで寝ている時もありました。
この間も車の中に私とワンコ、車外で主人が2時間くらい作業していたのですが、車の中からず〜っと主人を見て鳴き続けていました。
どちらかが車から降りると帰ってくるまで鳴き続けます。
でも朝主人が仕事に行ってしまっても鳴きません。
母も私も家で仕事しているため、完全なひとりのお留守番はしたことがありません。
前に30分くらい買い物にでたら、外に響き渡るくらいギャンギャン鳴いていてサークル内がものすごいことになっていました。
どのようにしてあげたら安心して過ごせるようになるのかわからず困っています。