税務調査で税務署と見解の相違があるのですが

指摘事項がどのようなことなのかわかりませんのではっきりしたことは申し上げられませんが、仮に指摘を受けた事項の実態が明らかに税務署の見解と異なる場合には、その内容についての十分な説明を行なうべきです。

その指摘事項が法人、個人の取引に関するものであれば、その諸取引は業種・業態等に応じて一律ではありませんので、税法の原理原則だけで諸取引を判断することはできません。
当然業種等によっては特殊性を考慮すべきこともございます。

日本の税制は租税法律主義に基づいており、税務署の見解が必ずしも正しいとは限らないため、納税者側からみて納得のできない見解の相違であれば税務署の見解に応じなければならないということはありません。

詳細について税理士等にご相談されてはいかがでしょうか。

税務調査において指摘された項目について見解の相違があるとのことですが、まず指摘事項について、法及び通達の規定がどうなっているのかを確認した頂くことが必要になります。
税務署の指摘事項の根拠がを明確にした上で、争っても勝てる可能性がある項目であるのかを明確にできないのであれば、税務署の指導に従うべきでしょう。
しかし、税務署の指導が常に法解釈として正しいとは限りません。通達であっても、法解釈としておかしい場合さえあります。ですから、法解釈として争う余地があるのかどうかがポイントになります。最悪の場合、裁判まで考える必要はありますが、裁判所では通達に書いてあることではなく、あくまで法解釈で争うことになります。
最高裁平成16年7月20日判決、いわゆる平和事件最高裁判決は、税理士を含む税務関係者に対して、国税庁課長の執筆した実務指南書の内容の解釈について、判例を含めた法解釈を行わなければ専門家としての責任は免れ得ない旨を判示しました。
したがって、税務署と見解の相違があるのであれば、盲目的に税務署の指導に従うのではなく、争える点であるのかを明確にした上で、従うのかを検討して頂く必要があると考えます。