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元本保証のものはその名の通り元本保証され、元本割れはません。

マイナス金利は、元本保証とはまた別の問題です。
利回りも大切ですので、それも考慮はしないといけません。

どこの商品が良いかは、金利で比較してよいところを選ぶことです。
それこそネットで調べてください。(^O^)／

確定拠出年金(ideco）については預金型ですとほとんど金利がつかずに手数料がかかり結局は元本割れになるでしょう。せっかく確定拠出年金を活用されるのですから(まだまだ６０歳まで時間があるので積立投資となりリスクはヘッジできます）少しずつでよいですので投資型を検討しても良いと思います。節税目的で元本確保型を選択するのも間違いではないですが・・・
さて運営機関の選択は「コスト」と「身近さ」です。基本はネット証券が手数料やすいですがネットに抵抗があれば一般の銀行などでしょう。手数料やすさでいえばネット証券のSBI証券、楽天証券、一般の銀行ならするが銀行が安いですね。
各社微妙に条件が異なるので比較しにくのですが、SBI証券は資産残高50万円以上で口座管理手数料が無料（2017年3月までは加入手数料、移換時手数料、口座管理手数料も無料）楽天証券は、資産残高10万円以上で月々の口座管理手数料が無料になります。スルガ銀行は、毎月の掛金の積立設定をするか個人別管理資産が50万円以上で無料です。
比較サイトなどもあるのでそちらを参考にするのが良いかもしれないですし、金融機関との相性もありますから比較検討されることをお勧めします。