源泉徴収票の支払金額の期間について

今年の６月に会社との契約が終わり、同じ会社から業務を請け負う個人事業主となりました。

給与から事業収入となるので、来年初めての白色申告を行う予定です。

会社から受け取った源泉徴収票を見て気が付いたのですが、私への支払金額が今年の１月～６月の分でなく、昨年１２月～６月分と１か月分多く計算されていました。

会社の担当者に訂正していただこうと問い合わせをしたところ、「訂正はできないです。会社としてはこのままで１３か月分の申告してもらうことになります。」とのことでした。

私はこの３年、主人の社会保険の被扶養者になっており、年間１３０万円未満の収入で働いています。
このままですと、来年の確定申告を１３か月分で行うことになってしまい、主人の会社に確定申告書のコピーを提出する時に、収入オーバーとみなされるので、確定申告書に１３か月分の但し書きなどを入れる方法がないか税務署に聞いてみました。
（１～２か月仕事を休んで収入を抑える、ということもできないので・・。）

税務署からは、「確定申告は源泉徴収票の金額そのままになるので、１３か月分で申告しないように、会社に話して源泉徴収票を１月分からの金額に書き直してもらって下さい。」と言われ、会社から訂正ができないと言われたことを告げると、「前払いか後払いかあるのかわからないが・・、税務署からは書き直してもらってとしか言えない。」と言われました。

私としては、税務署から言われた通りに会社にもう一度お願いしたいところですが、会社に相談をしても断られた経緯があるので、別の担当者に相談しようかと思います。

その前に、会社の言うように、源泉徴収票の訂正はできないものなのか、教えていただけましたら助かります。
どうぞよろしくお願いいたします。