43条但し書き申請が下りないおそれがある場合の設計契約の相場

ご回答いただけましたら幸いです。よろしくお願いいたします。

平成25年3月の完成を目指して、東京の多摩地区で注文住宅を計画しております。
設計管理契約先は一級建築士事務所です。(まだ契約していません)

本来であれば、委託契約成立時に建築事務所さんへ１回目の支払いとして65万円ほど支払う予定でした。（設計管理料の合計は約220万円で５回払い）

敷地が私道に接していることから、43条但し書きを申請する予定で、市のほうへの事前協議もすでにOKが出ている状態でした。
また、セットバックも含めて近隣の関係者の全員の了解も得ることができたので、あとは設計契約を結び、43条申請に必要な書類と、そこに添付する家の図面を検討し、署名捺印をいただいて6月に43条申請という段取りでした。

しかし、今週になって私道に隣接する河川の境界線が道のかなりの部分まで食い込んでいることがわかりました。
その河川は東京都のものなので都と協議しましたが、43条但し書き道路として申請するためには、その道に接する土地が1メートル以上セットバックしなければならない、緩和措置はないと言われてしまいました。

うちの敷地はその境界線には接していませんが、そこを通らなければ入れない敷地のため、その私道に接するお宅にお願いして数十センチセットバックしてもらう了解を得ていました。
(そのお宅は角地なので別に6メートル道路にも接道していますが、うちの新築のために後退を了承してくれました)

しかし、1メートル以上の後退ともなると話は別で、お願いすることは現実的ではなくなってしまいました。
(ちなみに、これまでの43条申請に係る近隣への説明などは、すべて建築士さんを通さず、すべて自分と測量士さんで行ってきました)。

そこで、建築士さん、測量士さん、われわれで今後の作戦を練ることになり、設計管理契約について、43条申請が通らない恐れがあるにもかかわらず基礎設計を進めなくては間に合わなくなる現状から、設計料を割安にして、基礎設計までの工程のみを契約する提案を建築士さんからされました。

が、一体この料金がどれくらいになるのか見当がつかず(65万円以下にはなるようですが)、できればこういった場合の世間的な相場を知りたく質問させていただきました。

長文、乱文で読みにくいかと存じますが、どうぞよろしくお願いいたします。