確定申告後の納税に関して

今年、初めて株の利益が出た為、確定申告を行いました

申告書は国税庁のＨＰにある入力ホームを利用し流れにそって
会社からの源泉徴収票、株式の利益等を入力し、納付すべき税額が
出され、その税額を納付し全て完了したと思っておりました。

しかし、昨日、市民税と府民税の納付書が届き、会社から住民税は
既に取られていると相談したところ不足の税金分との説明がありました。

細かく聞くと、家内の収入が103万円を超しておりましたので
確定申告時に配偶者控除の欄はゼロで私は申告書を提出したのですが
会社からの源泉徴収表には配偶者控除が行われており、
ここの差額が所得税と住民税で納税されなければならないとの説明でした。

実際、この様な事はあり得るのでしょうか？なんか２重取りをされている気がしてなりません。

ちなみに確定申告時に納付した金額は株式の利益の約１０％の物でした。。。
その際に納付した金額のうち、株式利益の７％に充当する金額が株式の所得税であり、
残りが不足の所得税との説明がありましたが正しいのでしょうか？
加え、届いた納付書（住民税）も株式利益の３％に充当する金額が株式の住民税で
残りが不足分との説明でした。

長くなりましたが初めての事で困惑しております
確定申告をしない方が得だったのでは？？？とかも考えてしまいます

以上、宜しくお願い致します