社員の扶養手当について

この規則では、健康保険法第3条第7項で定める被扶養者（健康保険で扶養家族とした者）のうち、
60歳以上の親、配偶者、18歳未満の子を被扶養者としている従業員から申請があれば扶養手当を支給しなければならないと思います。
但し、「配偶者の両親」については、世帯を同じくしていれば、健康保険では被扶養者にすることは可能ですが、
規則に「扶養の義務のある」という表現があります。民法上扶養の義務のあるのは、配偶者、直系血族、兄弟姉妹（民法752条、877条）となりますから、
「配偶者の両親」については「扶養の義務」はありませんので、扶養手当には該当しないと思います。

「年収法定額」というのは、文面から推測すると、厚生労働省通知による認定基準(平成5年3月保発第15号)の『年間収入が130万円未満(60歳以上の者、障害厚生年金の受給要件に該当する程度の障害者は180万円未満)』と思われます。
（但し、これはあくまで認定基準であるので、法定額ではないです）

能力及び成果による評価制度の導入により、最近は扶養手当、家族手当といった名称により扶養家族の有無、多い少ないという従業員個人の属性で給与額が変動する手当を廃止する会社も多いです。
（但し、現在ある手当てをすぐに廃止するのは、不利益変更となりますから、注意が必要です）

また、反対に大企業に多いのですが会社の社会的責任という見地から、少子高齢化を踏まえて、配偶者よりも扶養している子供や親に厚く配分している会社もあります。

このように会社の方針としてどのような従業員に給与を厚くするのかを検討し、この機会に就業規則を見直してはどうでしょうか。その場合、現行法との整合性の問題等ありますので、専門家（社会保険労務士）に確認をした方が良いと思います。