有給休暇中の通勤費・別居手当の件、及び欠勤日数変更の件

はじめまして。
茨城県在住の59才男性です。
下記の2件に関してご教授いただきたく、お願い申し上げます。

(1)一昨年8月にそれまで車通勤していた工場が閉鎖になったため、宮城県の本社工場へ転勤となり、レオパレスを借りて車通勤しています。
今年の1月にうつ病に罹り、医師の診断書をもらって1月25日～2月28日まで休みをもらい自宅療養しました。
給与の締めが21日～20日ですので、2月度は稼働日数21日中19日を、3月度は稼働日数20日中6日を、それぞれ有休で処理し欠勤はありませんでした。この間、2月度の給与にも、3月度の給与にも、別居手当80,000円、通勤費7,168円が満額含まれていました。
3月1日から職場復帰したのですが、うつ病が再発し、医師の診断書をもらって4月6日～7月30日まで休みをもらい、現在も自宅療養中です。
4月度は稼働日数23日中11日を有休で処理し欠勤はありませんでした。、5月度は稼働日数19日中17日を有休で処理し欠勤は2日となりました。しかし、4月度の給与からも、5月度の給与からも、別居手当、通勤費が削除されていました（0円です）。
総務部長にメールにて2回問い合わせしたのですが、全く返事がもらえません。
※この場合、別居手当、通勤費はもらえるべきなのではないのでしょうか。お教えいただきたく、よろしくお願い致します。

(2)6月２5日に6月度の給与明細書が郵送されてきました。当然全日数欠勤ですので、逆に社会保険料・住民税等の払い込み依頼と、5月度の欠勤2日分（稼働日数19日分の2日）の返納払い込み依頼が記載されていました。
6月27日に、総務担当者に、5月度の欠勤日を3日間にして下さいとメールを送りました（受信履歴あり）。私としましては、今後病気が長引いたときの傷病手当金の基準となる標準報酬月額を下げたくなかったからです。しかし、しばらく連絡がなく、7月1日になってから、『今から欠勤の修正は不可です』という返事メールが来ました。
※この場合、5月度の有給休暇を1日減らし、欠勤を1日増やすことは出来ないのでしょうか。お教えいただきたく、よろしくお願い致します。