よう壁に空けられた穴について

元々貴方様の擁壁は隣の擁壁と繋がる条件で設計、施工されてるわけでは無いとおもいます。鉄筋で繋がれてますと、余分な力が掛かりますので、好ましくありません。完全に分離してもらうべきとおもいます。又穴（コンクリートをはつった部分と思われますが）の補修ですが、大きさによりますが、基本的にコンクリート部分はコンクリートで補修されねばなりません。モルタルや他の充填材では強度が違いますので。やはりキチンと元どうりに直してもらった方がよいです。現状が判らない状態での発言ですので的確かどうか判りませんが、参考になりますかどうか。ブロック屋さんとも相談してはんだんください。

文面から私なりに以下のように推測してみました。
（１）境界線での工事
通常は境界線から何センチか離して構造物（今回は擁壁）を設置するのが工事に携わる者の常識です。境界に面した擁壁端部にスチロール等を差し込み縁切りします。隣地の業者は型枠工事の施工手間を惜しんだのかなと想像します。
（２）推測される工事内容
記載された隣地業者の対処方法から判断するとあなたの擁壁にドリルで穴を開けアンカーボルトを打ち込んだものと思われます。１０又は１３ミリ用ボルトの穴が垂直に５箇所ほど開けられているはずです。隣地構造物の形状から前者（１０ミリボルト）の可能性が高くその場合直径１５ミリ弱、深さ５センチの穴です。穴あけの際、鉄筋が破損されたのではと懸念されるかも知れませんがその可能性は状況（穴開けの深さと使用する道具の能力）から無視できるでしょう。

（３）対処方法
（２）の前提に立てば隣地のコンクリートを一部壊しアンカーボルトの鉄筋を撤去後モルタル充填すれば「一応」の処理は完了します。
ここで注意すべきはアンカーボルトの撤去方法です。少々の力では引き抜きにくい構造になっています。無理すると円錐形にコンクリートが剥がれます。埋設部を取り出すのに周囲のコンクリートをハツると躯体（擁壁）に悪影響を与え望ましくはありません。出来なければ次善の策としては鉄筋を擁壁面で切断しエポキシ系ボンドでの被覆を勧めます。

上述の通りなら心情的にはなかなか納得できないでしょうがあなたの擁壁への悪影響は懸念すべきレベルでは無いと考えます。

以上はあくまでも施工業者としての推測とそれに基づく意見です。参考になれば幸いです。