建物形状によって判断は変わりますが・・・

まず、スウェーデン式サウンディング試験は簡易的な試験とご理解ください。
地質の正確なデータが得られないので（調査する棒の先に石が当たるだけでも
正確なデータは得られません）どこまで精密なデータとして判断するかは
設計者の判断にもよりますが、かといってボーリング調査に比べると
費用は格段に抑えられます。

1の質問に対しては、私の行う場合の柱状改良費用と比べると若干高い
ように思います。
しかし、敷地の状況やその敷地に至るまでの状態、その他工事期間などによって
費用は変動します。
大きな機械が入って一度に工事を行うことができる現場と、小さめの機械を
入れて２日間かけて行う現場でも費用は大きく変わります。
極端に高いというようでもないようなので、現場の状態によっての
差額のようにも見えます。
本数に関しては、成形した１５坪の建物でこちらが換算しても
２４本は必要になりました。建物形状によって２８本くらいにはなるかと
思います。

２の質問に対しては、最初に書いたように「支持地盤がどこにあるのか？」を
明確にするにはボーリング調査が一番適します。
しかし、ボーリングは費用がかかります。（１か所8～10万程度）
その場合はサウンディング試験の平均的支持地盤層の高さを
信じるしかありません。
深さは掘削の際の進入深さで確認できます。

３の質問については、土地の評価としては下がらないと思いますが
次に建物を計画する際に、基礎に抵触する柱状改良の頭を削らないといけない
部分も出るかと思いますので、多少施工費は上がるかも知れません。
完全に抜いてしまう必要はありません。
次の計画のことを考えると、今回の柱状改良の場所を示す図面などは
保存しておくとよいでしょう。