当事者で決めることができます

mari-editさんご質問ありがとうございます。　後藤がお答えします、どうぞよろしくお願い
します。

　（1） 通勤手当
　（2） 給与の振込手数料

会社・従業員のどちらが負担すべきか？について職場の法律である ''労働基準法'' は何も定めていません。　となると、どの法律に照らせばよいかですが、これはやはり市民の法律である ''民法'' の原則に立ち返ることになります。　
ではその「民法」を見てみると、485条にこのあたりの取扱いが規定されています。　条文は何のことを言ってるかわからないので要約して言うと、それぞれ

　（1） 従業員
　（2） 会社

が負担すべきことが一応の ''原則'' となっています。　（注：''債務者負担'' 主義）　しかしこの原則は当事者同士で変えることができます。　なので会社と従業員が特約 （労働契約書や就業規則など）で合意してそれぞれの負担をお話のように

　（1） 従業員
　（2） 従業員

とすることも何ら違法な取扱いではありません。　しかし一般的には

　（1） 会社
　（2） 会社

としているケースが多いでしょう。　

法的なアプローチとしては、このように民法の原則と合意による修正という関係でフレキシブルな取扱いが可能ですが、注意が必要なのは（2）の振込手数料を従業員負担とした場合の ''振込手数料の控除'' についてです。

これについては労働基準法の規制に留意しなければなりません。
毎月の給与支払の際、振込手数料を差引いた金額を支払うことになると思いますが、会社はこの取扱いを勝手にやってはいけないことになっています。　（勝手にやると ''労働基準法違反'' となり罰則の対象となります）

どんな手続きが必要かですが、従業員の代表者と書面による協定書（労使協定）を交わさなければなりません。　（なお振込で給与を支払うこと自体にもこの協定の締結が必要です）