決済は多ければ多いほどベター。

*ネット上での決済に関する質問という観点

ペイパルだけでなく、出来るだけ多くの決済が出来るようにしたほうがいいことは明白です。お客様がペイパルアカウントをもっていなくて、カードだけ持っていたら?など考えられる決済に関する問題を全て書き出して可能な限り対応することが望ましいです。
(銀行振り込みは対応が煩雑になるので今回はなくてもいい気がしますが)

*月額または年会費(年間1000円など)としての方法を取る場合、どうしたら良いでしょうか?

このご質問の真意が決済についてではなく、言葉の通りどうやったら1000円の年会費を支払っていただけるのか?ということであれば、支払っていただいている1000円の内訳を明確にしたほうがいいと思います。例えば一例ですが、
>500円をシステム関連費用(改修積み立て、保守管理など)300円を販売促進(SEMなどの広告)、100円をコンテンツ追加にかかる費用、100円を営業利益などのようにわけて考えてみてください。<

**その時にお客様が支払った1,000円に見合うサービスを持続的に提供できるか考えてみてください。

***これ以上細かいお話は有料になります。(笑)

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