出資金額と持分を合わせた方が良いと思います。

ハッピーハウスの真山(さのやま)です。

税金等の個別相談については、税理士、税務署等にご相談下さい。
少しでもお役に立てればと思い、一般的な話としてご参照ください。

質問(1)に関してですが、
将来、不動産を売却した際に、
「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」
を二人分活用したいのであれば、
奥様の名義を家屋(建物)の方に入れておく必要があります。

ただ、将来的に3000万円以上の譲渡所得が
生じる可能性が低いのであれば、
基本的に、メリット・デメリットはありません。
(ただし、住宅ローンを使用するので、
下記の質問(2)を参照してください)


質問(2)に関してですが、
各人の出資金額とその持分をほぼ一致させておかないと
出資金額と合わない持分に関しては
贈与と見なされて、贈与税の課税対象となります。

「dojikochan」さんのおっしゃる通りで、
例えば、土地の1500万円を全額住宅ローンで
購入しているにもかかわらず、
ご主人(ローンの債務者)2/3、奥様1/3の
持分とすると、当然奥様1/3の持分部分は
贈与と見なされる可能性が高いと思われます。

現金部分に関しては、共有財産からの出資として
ある程度の融通を利かすことは可能ですが、
住宅ローン部分に関しては、その債務者が
出資したことが明確です。
したがって、住宅ローン契約に応じた出資割合で、
(土地の融資金額と建物の融資金額に分けて)
名義を入れておくことが少なくとも必要です。

ちなみに、住宅ローン控除に関しては、
共有持分がある場合には、その持分に対する借入部分
が対象となります。

特にこだわりがなければ、土地・建物それぞれに
自己資金を投入した形をとり、
その出資額に応じた持分とすれば良いと思います。

少しでもお役に立てれば幸いです。