大きな窓のレールが変形してしまいました。

しまりす様、はじめまして。
私の所見を述べさせて頂きます。

　開放感あふれるリビングルームであるにも関わらず、憂鬱な気分になられている心情、お察し致します。
「一つの窓のレール中心が4mm下がっていることが判明しました。」
　窓のレールとは、サッシの上枠のレールのことでしょうか。サッシの下枠であれば、土台の不具合だと思いますが、一般的には、私も少ないと思います。
　サッシの上枠で垂れているのであれば、窓タイプとして、全開口サッシ(折りたたみ窓)が考えられます。折りたたみ窓は吊り車形式で、本体障子の重さが躯体の上部にかかります。躯体の強度の問題で、そのような垂れ下がりの現象は考えられますね。
　上部のまぐさ及び梁に十分な強度を持たせるために、補強金物で、間柱と梁・まぐさの接合部を補強している思います。
　補強金物は、柱〜補強部〜柱間が等間隔になる位置に取付るのが普通ですが、そうでない場合か、あるいは補強を行わずにサッシを取付けした場合、サッシの上枠が垂れ下がることは十分考えられます。
　躯体に関わることですので、「大工事してでも直してもらう。」ほうが良いと思います。
　時の経過と共に、躯体に影響を及ぼし、もっと垂れ下がる可能性が十分考えられるからです。
　ただ、文面だけで詳細が定かではありませんので、工務店さんと、費用の件も含めて、充分に話し合われる事をお勧め致します。
　信頼関係の中で、互いに誠意ある話し合いをされて、紛争のない解決方法が見出されることをお祈り申し上げます。
私の所見が、しまりす様の参考になれれば幸いです。