補足します

確かに全体の流れや所得の性格を考えるとどうかなぁという金額になってしまいましたね。

ところで
現在は報酬に関しての規定がなくなりましたが、数年前まで「税理士報酬規定」というものが存在しました。これは報酬の上限を定めたものです。
これによるとduke2009さんのような顧問契約のない(顧問契約は父上または母上が経営する法人ですので)ケースでは
1.税務代理報酬
2.税務書類作成報酬
の2つが発生します。

duke2009さんの総所得が1,000万〜2,000万と考えると
1.が255,000円　2.が76,500円　合計331,500円(消費税別)となります。
このほかに帳簿の作成や決算書の作成があると別の報酬が発生します。

上限ですので、実際にこの金額でやっている税理士は少なかったと思いますが・・・・
私だったらということではなく、あくまでもこんな計算もあるということです。

依頼人のかたは「書類作成の手数料」という感覚で依頼されていると思いますが、税理士のほうは「専門的知識に基づき法の定めのもと依頼人に最も有利な計算をし、申告その他の代理を行う。それに付随して申告書の作成を行う」という認識で仕事をしていますので、金額的なギャップが生まれてしまうのだと思います。

どこの部分に重点を置くのかは、依頼人のかたの業務内容などにより異なってきますので、依頼するときによく話し合って報酬を定めておくべきだったと思います。

蛇足ですが、私も緊急の依頼を受けたときにこれを怠って、duke2009さんとは逆に不本意な報酬しかいただけなくてトホホな思いをした経験があります。お互いのためしっかりと話し合わなければいけません。

事前の説明もなく勝手に押印しての提出は言語道断で、同業者としてお恥ずかしいかぎりです。