2000万円借入の方が得です。

大前提として、
住宅ローン控除の還付金が十分にあるとします。
支払税額が年末借入残高の1%よりも少ない場合は、
その支払税額が還付金となります。

借入額によって差がでる大きなところは
1.完済までの支払金利
2.銀行保証料
3.抵当権設定費用
4.住宅ローン控除による還付金
の4点です。

ご質問から判断できなかった部分を
仮定してシミュレーションを行いましたので
ご参照ください。

【前提】
借入金利1.475%、借入期間35年、保証料前払い、
10年間は普通に支払、11年後に全額完済。
(10年後年末残高の1%が住宅ローン控除の最後金額)
(1)6000万円の借入を行った場合
(2)2000万円の借入を行った場合

1.完済までの支払金利
(1)の支払金利部分⇒8,509,777円
(2)の支払金利部分⇒2,836,543円
金額差 5,673,234円

2.銀行保証料(35年間、100万円につき20,700円の保証料と仮定)
未経過分は、年数案分で返金された場合
(厳密には案分されませんが概算です)
(1)の支払保証料部分
⇒6000万円×(20700円/100万円)×11/35年
　=390,343円
(2)の支払保証料部分
⇒2000万円×(20700円/100万円)×11/35年
　=130,114円
金額差 260,229円

3.抵当権設定費用(税額部分)
住宅用家屋証明を使用した場合(0.1%)
(1)の抵当権設定費用⇒60,000円
(2)の抵当権設定費用⇒20,000円
金額差 40,000円

4.住宅ローン控除の還付金総額
(1)の還付金総額⇒4,921,567円
(2)の還付金総額⇒1,746,959円
(1)において、9年目、10年目での年末借入残高が
5000万円を切るので、単純に500万にはなりません。

金額差 ▲3,174,608円

以上の結果より、上記の前提であれば、
2000万円を借りた方が、6000万円を借り入れるよりも
2,798,855円得になります。

なお、上記において、
全期間金利1.475%で計算を行いましたが、
金利が上昇するのであれば、金額差は
さらに広がります。

4000万円原資で、10年間で280万円以上の
利益がでる投資対象があれば良いのですが、
今回のケースでは、2000万円の借入の方が
良いと思います。