今は話し合いしかない

他の専門家の方々がおっしゃっている通り、今は誠実な話し合いしかないと思います。

しかし、ウェブも、情報システムも、一戸建て注文建築も、

「発注者側の意図と、できあがりに違いがある」

ということでもめることが多いです。
そのため、発注者側がしっかりと勉強しておかねば、お金を失ってしまうことになります。
実際、注文建築においては、3軒建てないと思い通りの家にはならないとまで言われたりしますから、経験とか知識の大切さがわかります。

いずれの場合も、頭の中で考えていることを、相手に正しく伝えることができたか?

という「コミュニケーション」に問題の真因があります。
コミュニケーションは、自分と相手の2人があって成立するものであり、思っていることを確実に相手に伝えるのは、そもそも簡単なことではありません。
どこかで正しく意図が伝わっていないことが往々にしてあります。

　伝えた「つもり」
　聞いていない「つもり」

この堂々巡りになると最悪です。

今は過去にいかなる話し合い、コミュニケーションをとってきたのか?を、制作会社と供に振り返り、どこで誤解が生じたのか?何が問題であったのか、冷静に振り返り、話し合いをするしかないと思います。

そうすればお互いの問題がわかり、歩み寄り、落としどころが見えてくるのではないかと思います。

こうしたもめ事を起こさない様にするためには、文書を使って、制作途中で何回もお互いに確認をすることが重要です。
そうすれば誤解があっても早期に発見ができ、修正をかけていくことができますし、言った言わないという話にはなりにくく、スムースに進んでいきます。

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岡本興一