妥協なきプランニングで

家族構成や近隣の環境も考慮しなければいけませんが
あくまで　一軒の間取り構成で考えてみます。
在り来たりなお答になってしまうかもしれませんが・・・

もしも奥様のお友達が、頻繁に集まられるようでしたら・・・(LDK)に対面キッチンを設け　和室を隣接し　可動建具を取り付けてみるとか　
(大広間としても　急なプライベート確保としても対応しやすいですし)
逆に御親戚や会社のお友達が頻繁に集まられるようでしたら・・・何時でもゆっくり寛げるように、和室を離れ的に設置してみては?(ちょっと料亭気分になれるかもしれませんしね)

家族の行動時間にばらつきが多いようでしたら・・・トイレ・洗面浴室は主寝室から少し遠ざけてみる(深夜の水の音は　案外耳障りかもしれません)
また、予算的には一階に洗面浴室を設置することにより、工事費は少しでも抑えられるとおもいますよ。(配管距離が短くてすみますので)

収納たっぷりと言うことですのですので　押入れというよりも、風通しを考慮してウォーキングクローゼットを取入れてみられては?
(構成しだいでは、心地よい風を我が家に取り込めるかもしれません)

高齢者との同居が考えられるならば、玄関スペースや廊下の幅・開口有効寸法(開きドアより　引き戸)も考慮したいですし・・・

100平米もあれば、きっと満足いく間取りを創り出せると思いますよ!
プランニングの段階で　諦めかけるお客様もよくおられます
デザイン・素材・カラーなどは　進めていく中で変更可能と思いますので
プランニング段階で妥協せず、たくさん悩んで納得しながら進めてください!
よきアドバイスになれたか分りませんが　素晴らしい我が家創り応援しております。