原則的なやり方ではありませんが

こんにちは。
厳密には、所得税法における減価償却については、強制償却ですので、正しい償却額をもってしか計上できません。
しかし、その程度の誤りは通常ありうる範囲のものかもしれません。
正しい方法とは言えませんが、どの程度の金額のお話かわかりませんが、今回の申告において修正してはいかがでしょうか。
昨年分で償却費を計上しすぎた額を、今年の償却額を減らすことで、調整する、という意味です。
そうすれば、今年申告する平成20年分の決算終了後としては、本来の姿に戻るわけです。
年分は異なりますが、償却額を償却しすぎ、の状態は、ある意味解消されます。
税務署としては、昨年平成19年分を修正申告させるとしても、平成20年分で減算しなければならないことになり、「いってこい」の状況になり、積極的に何らかの処分まで行う合理性が乏しい状況になるわけです。
このような処理は、税務署ではあまり積極的にはしたがりません。
いずれにせよ、悪意で行ったことでもないですし、今年の償却費を減らすことも同様に善意のものです。青色決算書の余白にでも正直に「前年の償却費の計上が入力誤りのため多すぎたので、今期で償却費を減額した」旨を堂々と書いておくこともいいかもしれません。
正しくはあくまでも修正申告ですが、善意の対処として、今年の分で償却費を減らして申告してみることも、広い意味でのやり方の一つではないかと思います。
以上、は、国税局OBである私ならではのアドバイスです。
税務署も、何でもかんでもしゃくし定規に更正や修正申告させていると回らないので、その程度はお目こぼしになる可能性が高いと思います。
なお、修正申告を求められる可能性は「ゼロ」ではありません。その場合には過少申告加算税と延滞税が賦課されます。