手間暇惜しまなければできますが

こんにちは。
なかなか、お見かけしないご質問です。
屋号そのものは、いくつ持ってもいいと思います。
確定申告書の記載欄が小さくて書ききれないときは、たとえば「平田商店ほか」のような書き方でも、特段に税務上の問題はないと思います。
次に、2つの事業をそれぞれの単位で記帳し、決算する、ということだと思いますが、最終的には個人事業主は「ひみつさん」になりますから、2つの事業の決算を合算するときには、2つの事業の間の売上、仕入れを相殺消去しなければなりません。
右手から左手へものの売買をしても利益が出ませんから、見掛け上、利益を上乗せして「販売部門」へ卸売りしても、その利益自体は、個人事業の中の事業にすぎませんから、合算するときには消去する、ということです。
あと、当然、部門間の取引に伴い、お金も決済するのであれば、年末で決算する際の売掛金、買掛金、もある場合がありますが、これらも相殺消去します。
このあたりの会計処理の方法は、簿記の世界では「本支店会計」という分野で取り扱われるもので、日商簿記2級程度のテキストで会計仕訳は解説されています。
それぞれ、たとえば弥生会計で本支店または完全に別々にの事業として経理していくことは、手間暇を惜しまなければできます。
それを合算する際に、単純に両方の決算数字を足してしまうと、事業間の取引が計上されてしまい、正しい数字にならないので、事業間の取引数値を相殺消去する、ということが必要になるわけです。
難しいことはさておきますと、売上と必要経費、原価が正しく計算されればいいわけですが。
お分かりいただけたでしょうか?
不明な点は再質問してくださいね。