AかBかは自分で決められる

例えば同じトップページにしても
下記のようにどのURLでも同じページが表示されるものです。
(全て同じファイルを読み込んでいても、です。)

http://www.○○○.com/
http://www.○○○.com/index.html
http://○○○.com/
http://○○○.com/index.html

その場合、どれを検索エンジンにトップページとして認識してもらうかは
自分で決めることが可能です。

例えばサイト内の全てのページはトップページにリンクを貼ってあるものですが
そのURLを上記のどれかに統一するのです。

同じように第三者のサイトからリンクを張ってもらうときにも、例えば相互リンクなら、
「このURLにリンクしてください」と統一するためにはっきり依頼すべきです。
(せっかくの被リンクパワーが分散しますから)

だから検索結果がBとなっているなら、
自分のサイト内のトップページへのリンクや第三者サイトからのリンクの多くが
BというURLに対してされている可能性が高いです。

もしそれをAにしたいということであれば、
自分のサイト内のトップページへのリンクを全てAに替え、
他者からのリンクもAに貼りなおしをお願いすることが必要となります。

この点をもう一度確認してみてください。

※上記は、同じサイトを違うドメインで2通りに表示させる設定である、と仮定しています。

参考になれば幸いです!