モルタル塗りの方が工程・技量的にも難しいです

　壁充填断熱工法で通気胴縁使用であれば、ご心配されている通気や結露対策、躯体への影響はどちらを選択してもあまり差は出ないと思います。
施工的にはモルタル塗りの方がかなり難しいはずです。
仕上がりとメンテナンスについては以下の通りです。
・サイディング…表面仕上げは工場塗装のものと、現場塗装のものがあります。サイディング自体はかなりの耐候性がありますが、この表面仕上げの性能によってグレードの差が出ます。工場塗装品は表現が悪いですが建売住宅ぽい感じになる恐れがあります。現場塗装であれば、色や模様などを好みの仕上げにできます。コスト的には後者が上で、フラットでシンプルであってもこちらをお勧めします。
問題なのは、パネルジョイント部分のシーリング材の劣化です。環境によって変化しますが１０年〜１５年で全面的にこのシーリングの打ち直しが必要になります。この時によくあるケースが、作業に外部足場が必要となる場合が多く、一緒にパネル塗装も塗り替える方が後々のことを考えると得かどうかの判断が出てきます。
・モルタル塗り壁…下地＋ラス張り、下塗り＋中塗り＋上塗りの工程をしっかりできていれば、かなりの耐候性があるはずです。軒や庇の出などの要因にもよりますが、高耐久性の塗装（シリコン系など）を選択すればかなり保つものと思います。あくまでも私の経験上からですが１５年以上は問題ないと思います。仕上がり具合は、サイディングと比較すれば現場手作業のものだけに均一性は劣りますが、それが職人の手による味と評価できるかどうかによります。また、経年変化を風情あるものと感じるかどうかによって仕上げの塗り替え時期が前後します。
　どちらの場合も湿気の多い環境では、カビや苔による汚れが付き始めると、なかなか処置できにくいので塗り直しが必要になる場合がでてきます。
なお、一般的にはモルタル塗りの方がコストが高いと思います。