制度の趣旨など主管部署に確認しては

　「必ずしも正直に書いたとは言いがたい評価を出した」ということですが、要するに本当はもっとマイナス評価だったが甘くつけてしまった、書きたい事を書かなかったということだと思います。

　全体的な制度運用がどうなっているのかわかりませんが、360度評価の実施にあたって、一般的には部下からの評価点数を直接的に人事評価に反映すると、部下へのゴマすりやご機嫌取りをする等の問題があるので、そのような活用方法を取っている所はまだ少ないと思います。多くの場合は、自己評価と周りの評価との差異から本人の気づきを促し、今後の能力開発等に活かしたり、人事評価の参考資料として扱うことが目的になっていると思います。

　上記のような目的の制度であれば、評価結果のニュアンスに多少の差はあっても本人への課題提起はされるので、ご質問者の評価内容はそれなりに活かされているのではないかと思います。
　ご自身以外にも他の部下の方も評価しているのであれば、その中にご自身の言いたいことが反映されているかもしれませんし、「部下からは言いづらい」と言う心理も、制度としては折り込み済みで考えられているかもしれません。

　上司からのメールをプレッシャーに感じたとの事ですが、その上司の日常的な振る舞いに部下へのゴマすり等が見受けられるのでしょうか。そうでないのなら、上司としても気軽な気持ちでのメールなのかもしれません。度が過ぎればパワハラなのでしょうが、この場合そこまでは言いづらいように思います。

　どうしても気になり、納得できなければ本社の主管部署に問い合わせ、事情を話してみても良いと思います。そこで問題と判断されれば再度評価するように指示されるでしょうし、制度の趣旨によってはそこまでの厳密さは不要と言われるかもしれません。いずれにしてもご自身が納得できるように判断されればよいと思います。